京东pop旗舰店和旗舰店是京东平台上两种不同类型的店铺，它们在以下几个方面存在区别：

1. 店铺类型不同

京东pop旗舰店是京东平台上的一种特殊店铺类型，它是由京东平台邀请的品牌或商家开设的店铺。而旗舰店则是由品牌或商家自己开设的店铺。

2. 运营方式不同

京东pop旗舰店由京东平台负责运营，包括店铺的装修、商品的上架、订单的处理等。而旗舰店则由品牌或商家自己负责运营，他们可以自由选择店铺的装修风格、商品的展示方式等。

3. 商品来源不同

京东pop旗舰店的商品大多来自于品牌或商家的渠道，保证了商品的性。而旗舰店的商品则可能来自于品牌或商家的渠道，也可能来自于其他渠道，因此在商品的性上可能存在一定的风险。

4. 售后服务不同

京东pop旗舰店由京东平台负责售后服务，消费者可以享受到京东平台提供的售后保障，包括退换货、维修等。而旗舰店的售后服务则由品牌或商家自己负责，消费者需要与品牌或商家直接联系处理售后问题。

5. 促销活动不同

京东pop旗舰店和旗舰店在促销活动上也存在一定的区别。京东pop旗舰店会参与京东平台的一些促销活动，如双11、618等，消费者可以享受到平台提供的优惠和折扣。而旗舰店则可以自行制定促销活动，如品牌日、限时折扣等，消费者可以享受到品牌或商家提供的优惠和折扣。

综上所述，京东pop旗舰店和旗舰店在店铺类型、运营方式、商品来源、售后服务和促销活动等方面存在一定的区别。消费者在购物时可以根据自己的需求和偏好选择适合自己的店铺类型。